竞争对手驳回了Celera的人类基因组草案

 作者:黎乳     |      日期:2017-05-09 15:16:22
作者:Philip Cohen生物技术巨头Celera的伟大成就 - 人类基因组独立草案的出版 - 从未真正发生过,公开资助的人类基因组计划成员发表了一份新报告他们表示,新的分析显示该公司非常依赖公开数据,以至于Celera的成就不能被认为是独立的,或者是他们的“全基因组霰弹枪”(WGS)基因组测序方法的胜利 “这对我们如何对其他大型基因组进行测序具有重要意义,”该报告作者之一,密苏里州圣路易斯华盛顿大学基因组测序中心的Robert Waterston说但Celera官员表示,这项新研究存在严重缺陷这场争议只是Celera与政府和学术联盟之间长期争斗的最新争议 2001年,即使双方都发表了基因组草案,他们也对这两种方法的好处进行了争论公共努力依赖于一种策略,其中基因组首先被分解成大的重叠片段,从而提供每个染色体的低分辨率图谱在确定每个块的DNA序列后,然后可以容易地将片段组装成完整的序列但Celera支持WGS方法,其中所有的DNA都被粉碎成随机碎片一旦对这些序列进行排序,强大的计算机就会对数据进行处理,以便将拼图重新组合成基因组图片因为它消除了对每个染色体区域进行细致隔离的需要,所以霰弹枪方法在理论上要快得多该方法适用于较小的微生物基因组,并且对于相对简单的动物基因组(例如细菌和苍蝇)似乎是成功的但批评者质疑它是否可以解决复杂的哺乳动物基因组问题例如,人类和小鼠含有大量重复的DNA,这使随机碎片的计算机分析变得复杂私人和公共团体去年在“科学与自然”杂志上同时发布的序列分别表明这两种方法都有其优点但是,根据Waterston的说法,Celera并没有真正坚持他们的计划他和他的同事分析了科学论文,并说Celera合并了私人和公共数据集,保留了同一块中包含哪些序列的信息 - Celera声称这是浪费时间来收集沃特森说:“这给了他们一条简单的方法来重新组装每个块” Celera没有接受批评根据Celera信息学研究副总裁Gene Myers的说法,Waterston的研究存在严重缺陷,因为它只模拟了一条染色体的重建迈尔斯说,Celera的成功完全不取决于人类基因组项目数据的包含事实上,迈尔斯的团队有一项未发表的研究,他们在没有公共数据的情况下重新运行了整个基因组序列组装 “在我们的论文中,我们将数据包括在内,因为我们假设更多数据更好,”他说 “但是公共序列中存在很多错误,我们通过将其排除在外会得到更好的序列这真是令人惊讶“火花可能会继续飞行,因为两个团队现在都在研究小鼠基因组 Waterson的研究现已在网上发布,将在Celera的未来期刊“美国国家科学院院刊”上发表期刊参考:美国国家科学院院刊(DOI: